怀孕三个月起诉离婚孩子一般归女方。但有特殊情况的除外。根据法律规定，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。如果母亲患有久治不愈的传染性疾病或者其它严重的疾病，导致子女不宜与其共同生活的，也可以由父亲抚养。
【法律依据】
《民法典》第一千零八十四条第三款离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第四十四条离婚案件涉及未成年子女抚养的，对不满两周岁的子女，按照民法典第一千零八十四条第三款规定的原则处理。母亲有下列情形之一，父亲请求直接抚养的，人民法院应予支持：（一）患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，子女不宜与其共同生活；（二）有抚养条件不尽抚养义务，而父亲要求子女随其生活；（三）因其他原因，子女确不宜随母亲生活。