农贸市场拆迁商户赔偿程序如下：
1、房屋补偿费，用于补偿被拆迁房屋所有权人的损失，以被拆迁房屋的结构和折旧程度划档，按平方米单价计算；
2、房屋拆迁补偿价，等于宅基地区位补偿价乘以，宅基地面积，加被拆迁房屋重置成新价；
3、房屋拆迁货币补偿，等于合法拥有房产评估价格加，房屋装修装饰商定补偿金额；
4、房屋拆迁安置费，等于搬迁补助费加，没有提供周转房情况下的临时安置补助费，加超过过渡期限的临时安置补助费，加非住宅房屋因停产、停业造成的损失赔偿费；
5、因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
法律依据：《中华人民共和国城市房地产管理法》第六条
为了公共利益的需要，国家可以征收国有土地上单位和个人的房屋，并依法给予拆迁补偿，维护被征收人的合法权益；征收个人住宅的，还应当保障被征收人的居住条件。具体办法由国务院规定。
第七条
国务院建设行政主管部门、土地管理部门依照国务院规定的职权划分，各司其职，密切配合，管理全国房地产工作。
县级以上地方人民政府房产管理、土地管理部门的机构设置及其职权由省、自治区、直辖市人民政府确定。
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